故事的主角是一个看起来非常普通的高中生男孩，他的名字就叫做“游戏”，他现在正被一种风靡全国的纸牌游戏深深吸引。然而他的对这种游戏的领悟显然要比普通人深远得多，当他玩他最喜欢的纸牌游戏时，他就立即变成了一个“游戏之王”。 怪兽之决斗是以第一部动画为蓝本，以卡片怪兽决斗为主线，共分为七篇：决斗者王国篇（001—051集）、战斗城市‧前篇（052—097集）、乃亚篇（098—121集）、战斗城市‧后篇（122—144集）、杜马篇（145—184集）、海马集团大赛篇（185—198集）、王之记忆篇（199—224集）。

本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。